Oriki Hotaro est un lycéen, qui agit toujours de manière réfléchie. Un jour, il pénètre dans le "Koten Bu" (Club de littérature classique) tel que recommandé par sa sœur aînée.

Il y rencontre Chitanda Eru, Fukube Satoshi, et Ibara Mayaka. Chitanda est une fille calme, belle, mais elle peut s’avérer rapidement indispensable grâce à sa curiosité qui les aide beaucoup. Fukube est un garçon souriant qui excelle dans la mémoire, mais il ne construit jamais ses propres déduction. Ibara est une jeune fille assez petite et stricte envers les autres et surtout envers elle-même. Elle aime Fukube, mais elle a toujours esquivé son approche et n'a jamais osé le lui dire.

En découvrant une vieille collection d’œuvres d'anciens membres du club Koten soigneusement cachée intitulée "Hyouka".
Ils commencent à enquêter sur une affaire qui s'est produite il y a 33 ans et qui a coûté la vie à l’oncle d’un des membres du club.